Eine dritte oftmals überlieferte Heiratsverbindung entbehrt jeder Grundlage, weil sie auf einer Fälschung des 18. Jahrhunderts beruht. Die Eroberung Konstantinopels durch die Osmanen im Jahre 1453 besiegelte das Ende des Byzantinischen Reiches als Staat und den Abbruch der Beziehungen.

Seitdem und bis zum Ende des 17. Jahrhunderts sind lediglich vereinzelt Besuche von Griechen in Wien überliefert (z. B. Bessarion, Leontios, Eustratios, Philoponos, Emmanuel Muzikios u. a.). Die Anfänge der Ansiedlung griechischer Händler in der Stadt läßt sich nicht klar bestimmen. Der erste Grieche, der in den Totenprotokollen aufscheint, die im Wiener Stadt- und Landesarchiv aufbewahrt und seit dem Jahre 1648 geführt werden, ist Paulos Lagos († 2. März 1695). Die Ansiedlung Handel treibender rhomäischer Untertanen des Osmanischen Reiches in Wien auf Grund kaiserlicher Privilegien begann im wesentlichen nach der Zweiten Wiener Türkenbelagerung (1683) und nach den darauffolgenden siegreichen Kriegen der Habsburger gegen die Osmanen.

Die Friedensverträge von Karlowitz (1699), Passarowitz (1718), Belgrad (1739) und die diese begleitenden Handelsübereinkünfte mit gegenseitigen Zollkonzessionen, welche zwischen der Hohen Pforte und dem Reich der Habsburger vereinbart wurden, schufen günstige Voraussetzungen für die Entwicklung des Handels. Die seit dem Ende des 17. Jahrhunderts veränderte österreichische Politik gegenüber den orthodoxen Kirchen ermöglichte zudem für deren Gläubige die freie Religionsausübung gemäß den Dogmen und dem Ritus der Ostkirche.

Anziehungspunkt und Bestimmungsort der griechischen Händler wurde die Stadt Wien. Ihre geographische Lage machte sie zum Zentrum ihrer Handelsunternehmen, die sich auf alle Gebiete und in alle Richtungen erstreckten. Es gelang ihnen schnell, den größeren Teil des Ein- und Ausfuhrhandels des Habsburgerreiches mit dem Osmanischen Reich zu übernehmen und zu führenden Persönlichkeiten des Wirtschaftslebens zu werden. Von grundlegender Bedeutung für die Bewahrung der nationalen sowie religiösen Identität der neu angesiedelten Bewohner war deren Tendenz zur Begründung einer Gemeinde mit allen dazugehörigen Institutionen, d. h. die Errichtung von Kirchen, die Etablierung eines Friedhofs, die Gründung einer Schule sowie Bibliothek und die Schaffung von Fonds für die Armen und für die Schule. Neben den Handelsgesellschaften und -kompanien wurden zwei Bruderschaften als anerkannte Vereinigungen von Laien zwecks Verwirklichung kirchlicher Ziele gegründet, welche von Kaiser Joseph II. den Status von Kirchengemeinden erlangten und dem System der Pfarrgemeinden zugeordnet wurden. Die ältere der zwei Bruderschaften ist die Bruderschaft zum Heiligen Georg der orthodoxen Griechen osmanischer Staatsangehörigkeit. Sie wurde höchstwahrscheinlich kurz nach der Beseitigung der osmanischen Gefahr vor Wien (1683) gegründet. Die Gründung der Bruderschaft zur Heiligen Dreifaltigkeit der orthodoxen Griechen österreichischer Staatsangehörigkeit fällt ziemlich genau mit der Errichtung der Kirche zur Heiligen Dreifaltigkeit zusammen. Der Vorschlag ihrer Mitglieder im Jahre 1784 zum Kauf einer römisch-katholischen Kirche zwecks gemeinsamer gottesdienstlicher Nutzung wurde von den Mitgliedern der Bruderschaft zum Heiligen Georg nicht angenommen, woraus sich zwei entgegengesetzte Positionen ergaben.

Zwischen den beiden Bruderschaften war es zu einer Entfremdung gekommen. Die osmanischen Staatsangehörigen erachteten ihre Landsleute mit österreichischer Staatsbürgerschaft als Menschen, welche ihr Vaterland verleugneten, als Werkzeuge im Dienste österreichischer Interessen und als keine wahren Verteidiger der Interessen ihrer unterjochten Heimat. Der Gegensatz erstreckte sich auch auf wirtschaftliche und gesellschaftliche Interessen beider Flügel.

Die Trennung der Wiener Griechen in zwei Gemeinden auf Grund der Staatsangehörigkeit in osmanische und kaiserliche Untertanen manifestierte sich im Erlass Kaiserin Maria Theresias vom Jahre 1774. Dieser Erlass verpflichtete die Griechen osmanischer Staatsangehörigkeit als Vorbedingung der ungehinderten Fortsetzung und Erweiterung ihrer unternehmerischen Aktivitäten zur Leistung des Treueschwurs auf das Kaisertum und zur dauerhaften Niederlassung auf dessen Hoheitsgebiet mit ihren Familien, um die kaiserliche Staatsbürgerschaft zu erwerben. Das einzig Gemeinsame, was die beiden Gemeinden bewahrten, war das gemeinschaftliche Eigentum an der griechischen Abteilung des Friedhofs Sankt Marx, wo die Mehrheit der Griechen und vieler anderer Orthodoxer über 102 Jahre, von 1784 bis 1886, begraben wurde.

Obgleich die Griechen anfangs kirchlich gemeinsam mit den serbischen Glaubensgenossen Hand in Hand gingen, zogen sie aus der Zuerkennung der Religionsfreiheit an die Serben im Jahre 1690 durch das Dekret Kaiser Leopolds I. für sich selbst den Nutzen, sich auch die kirchliche Autonomie zu sichern. Die Ursachen der griechisch-serbischen Auseinandersetzung, die im wesentlichen zur Unabhängigkeit von der Jurisdiktion der serbischen orthodoxen Kirche und zur Schaffung getrennter Gemeinden führten, waren hauptsächlich die Sprache des Gottesdienstes, des Unterrichts, Fragen der kirchlichen Organisation und des Kircheneigentums. Es war dies im wesentlichen eine Auseinandersetzung zwischen kirchlichen Leitern beider Nationalitäten, nicht jedoch zwischen den Mitgliedern der ethnisch gemischten Gemeinde.

Die Bruderschaft des Heiligen Georg erwirkte mit Unterstützung durch den Prinzen Eugen von Savoyen im Jahre 1723 den Erlass eines kaiserlichen Privilegs Karls VI., welches mit Verordnung des Hofkriegsrates vom 9. Jänner 1726 anerkannt wurde. In Einklang damit wurden der Bruderschaft das Recht zur Gründung der ersten orthodoxen Kapelle in Wien auf den Namen des Heiligen Georg und der freien Durchführung der göttlichen Liturgie gewährt. Der erste Sitz der Kapelle befand sich in einer kleinen Wohnung im Dempfingerhof (Seitenstettengasse 4). Nach sechs Jahren wurde der Sitz in den Steyrerhof (Griechengasse 4) verlegt. Die Kirche unterstand anfangs der Jurisdiktion des Ökumenischen Patriarchats in Konstantinopel, weshalb im Gottesdienst der Name des Patriarchen kommemoriert wurde. Mit Erlass der neuen Hofverordnung am 2. März 1776 beendete Kaiserin Maria Theresia eine Periode der Auseinandersetzung, indem sie der griechischen Bruderschaft endgültig das ausschließliche Eigentum über die Kirche und das Recht auf eine eigenständige kirchliche Verwaltung bekräftigte. Die damals erlassenen kaiserlichen Privilegien Maria Theresias für die Bruderschaft des Heiligen Georg anerkannten und bestätigten mit neuen Urkunden drei nachfolgende Herrscher, Joseph II. am 3. August 1782, Leopold I. am 3. November 1791 und Franz II. am 10. Jänner 1794.

Im Jahre 1803 waren die neuen Eigentümer des Steyrerhofs nicht bereit, die Vermietung der Räume zu verlängern, wo die Kapelle und die Wohnung des Pfarrers untergebracht waren. Zu derselben Zeit wurden jedoch zwei benachbarte Häuser zum Verkauf angeboten. Es waren dies mit der Nummer 758 das “zum kleinen Küßdenpfennig-Haus” und daneben mit der Nummer 757 das sogenannte “Wagner-” oder “Binder-Häuschen”. Allerdings ergab sich eine ernsthafte Schwierigkeit, die einer sofortigen Lösung bedurfte, da die Bruderschaft gesetzlich nicht berechtigt war, Eigentum zu erwerben, weil ihre Mitglieder osmanische Untertanen waren. Die Lösung kam durch die Hilfe des griechischen Händlers Georg Johann Ritter von Karajan zustande, welcher als kaiserlicher Untertan gesetzlich das Recht zum Kauf von Immobilien hatte. Dieser wurde am 8. Juni 1802 bevollmächtigt, in seinem Namen auf Rechnung der Bruderschaft die zwei Häuser mit dem Ziel der Errichtung einer Kirche zu kaufen. Laut Kaufverträgen, die für das Haus 758 am 27. Juli 1802 und für das Haus 757 am 1. Mai 1803 unterzeichnet wurden, wurde das erste für den Betrag von 21.000 Florin, das zweite für 3.500 Florin erworben. Karajan übergab der Bruderschaft eine unterschriebene Bestätigung über den obengenannten Ankauf am 6. Juli 1803. Er übernahm auch die Aufsicht über den Bau. Der Grundstein für die Kirche wurde im Jahre 1803 gelegt, und die Ausführung der Arbeiten dem Baumeister Franz Wipplinger überantwortet, wobei die Ausschmückungen und Verzierungen am 2. Februar 1806 vollendet wurden. Die Gesamtausgaben für die Errichtung der Kirche und des Gemeindehauses beliefen sich auf 126.784 Florin. Auf Allerhöchsten Beschluss vom 14. Dezember 1893, welcher mit Regierungserlass vom 24. Jänner 1894 verlautbart wurde, wurde von Demeter und Theodor Karajan, den Erben des Georg Karajan, das Eigentum auf die zwei Gebäude unter der neuen Nummer 713 an die Bruderschaft abgetreten. 1897 wurde der Beschluss gefasst und 1898 die Erneuerung der verwitterten Kirche auf Kosten der Gemeinde sowie des großen Mäzens Nikolaus Dumba in die Tat umgesetzt. Damals entstanden der heutige Eingang in der Griechengasse, das Relief mit der Darstellung des den Drachen tötenden Heiligen Georg im Giebel der Ostfassade und der Glockenturm nach Plänen des Architekten Ludwig Tischler. In demselben Jahr wurde auch das neue, größere Haus der Gemeinde erbaut (Hafnersteig 2-4).

Nach Ablehnung des Vorschlages für eine gemeinsame Kirche und Gemeinde strebten die Griechen kaiserlicher Staatsangehörigkeit sogleich danach und erreichten dank des Toleranzpatentes (1781) die Bildung der Gemeinde der Heiligen Dreifaltigkeit und nach Zuerkennung des Privilegs durch Kaiser Joseph II. (1787) die Gründung der gleichnamigen prachtvollen Kirche (Fleischmarkt 13). Das zweistöckige Gebäude, Eigentum des Grafen Joseph von Stockhammer, wurde von der Gemeinde im Jahre 1782 um den Preis von 21.200 Florin erworben. Diese weihte nach Genehmigung, welche sie am 29. Jänner 1783 erhalten hatte, im hinteren Bereich einen einfachen, schmucklosen Gebetsraum ein und übertrug dem Architekten Peter Mollner, auf Grund eines Erlasses der Hofkanzlei vom 8. Oktober 1787, die Umwandlung in eine Kirche. Im Jahre 1796 wurden die Privilegien der Gemeinde von Kaiser Franz II. erneuert und bestätigt; es wurde erlaubt, einen Glockenturm und einen Eingang zum alten Fleischmarkt zu errichten. 1833 wurden die Erneuerung und Ausgestaltung der Kirche beschlossen. Diese Arbeiten fanden unter dem Architekten Poduschka eine Fortführung im Zeitraum 1856 bis 1858. Die Ausführung der Pläne und Arbeiten zur Verwandlung des Hauses der Gemeinde in ein Gotteshaus übernahm schließlich im Auftrag von Simon Sina auf der Basis einer freigiebigen Spende in der Höhe von 70.000 Florin der berühmte dänische Architekt Theophil Hansen. Auf ihn gehen unter anderem die Veränderung der heutigen Fassade des Hauses, des Eingangs und des Korridors zurück, der in die einräumige Kirche in byzantinisierendem Stil führt, sodaß der Anblick den Eindruck einer byzantinischen Kirche erweckt, zunächst mittels des Durchgangs, dann des Narthex sowie der Errichtung und Versetzung des Glockenturms im vorderen Bereich. Die erneuerte Kirche wurde am 21. Dezember 1858 feierlich eingeweiht.

Im zweiten Stock des Hauses der Gemeinde befinden sich heute die Räumlichkeiten der Bibliothek und der Griechischen Nationalschule in Wien. Die Verwalter der Kirchengemeinde zur Heiligen Dreifaltigkeit brachten am 22. September 1801 die Bitte auf Gewährung der Erlaubnis zur Gründung der Schule ein, welche mit Erlass der Regierung Niederösterreichs am 19. Mai 1804 genehmigt wurde. Seitdem besteht die Schule ohne Unterbrechung und verbreitet Bildung unter den griechischen Kindern der Diaspora. Die Schule befand sich ursprünglich unter dem Dach des alten Hauses, neben den Wohnungen der Priester, war danach auf Jahrzehnte in einem Haus in der Sonnenfelsgasse 17 untergebracht, welches der Händler Kyriakos Polyzos der Schule für ihre Bedürfnisse in seinem Testament vermacht hatte. Nach der Erneuerung des Hauses übersiedelte sie an ihren angestammten Platz, wo sie den Betrieb im Schuljahr 1858/59 wieder aufnahm. Für die reibungslose Arbeit sowohl der Kirche als auch der Schule trägt die Gemeinde der Heiligen Dreifaltigkeit Sorge, während der griechische Staat das Lehrpersonal stellt. Die Schule folgt seit dem Ende des Zweiten Weltkriegs der staatlichen griechischen Bildungspolitik. Zu den berühmtesten Lehrern der Schule zählen: Theokletos Pharmakides, Anthimos Gazes, Konstantinos Kumas, Basileios Papaeuthymiu, Neophytos Dukas u. a.

Im ersten Stock befindet sich das Sitzungszimmer der Gemeinde, die wie auch jene des Heiligen Georg seit ihrer Gründung als höchste geistliche Leitung den Ökumenischen Patriarchen von Konstantinopel anerkannt hat. Heute hat in diesem Bereich die Metropolis von Austria, das Exarchat von Ungarn und Mitteleuropa seinen Sitz. Im Jahre 1924 gründete das Ökumenische Patriarchat die Metropolis von Mitteleuropa, welcher die griechisch-orthodoxen Gemeinden Österreichs, Ungarns und Italiens angehörten. Der erste Metropolit war der aus Amaseia stammende Germanos Karavangelis. Nach seinem Tod (11. Februar 1935) und aufgrund der damaligen politischen Umstände wurde diese Metropolis mit derjenigen von Thyateira in London vereint. Am 17. Februar 1963 begründete das Ökumenische Patriarchat die Metropolis von Austria, das Exarchat von Ungarn und Mitteleuropa. Als erster Metropolit wurde Chrysostomos Tsiter, als zweiter (von 1991 bis 2011) Michael Staikos gewählt. Seit dem Jahre 2011 bekleidet Arsenios Kardamakis die Funktion des Metropoliten von Austria. Die Metropolis koordiniert die Arbeit der beiden Gemeinden sowie der Schule, fördert das geistliche Leben der Diaspora und spielt eine Rolle in der ökumenischen Bewegung.

Die beiden geschichtsträchtigen griechisch-orthodoxen Gemeinden Wiens versuchen, mit den Institutionen, welche sie geschaffen haben, das nationale Bewußtsein in der Fremde, die religiöse Identität, die Kultur und die Traditionen der Griechen zu bewahren. Sie vermögen ein überaus bedeutendes soziales, menschenfreundliches, erzieherisches und nationales Werk vorzuweisen. Dies wurde dank der Einnahmen aus zahlreichen Stiftungen und Hinterlassenschaften sowie durch Spenden und jährliche Beiträge ihrer Mitglieder ermöglicht. Seit Generationen stellte der Fonds für die Armen wirtschaftliche Hilfe für die Bedürftigen der Gemeinden zur Verfügung, der Schulfonds für die grundlegende Ausbildung und Stipendien. Viele Gemeinden der griechischen Diaspora erwuchsen wirtschaftlich, um vor allem auf verschiedene Art und Weise die unterjochte Nation zu bestärken. Sie gehörten zu den Vorreitern ihrer geistlichen Auferstehung und nationalen Wiedergeburt. Es liegt an den griechischen Gemeinden und der griechisch-orthodoxen Kirche unter der pastoralen Leitung der Metropolis, abgesehen von der Weiterführung ihrer traditionsreichen Tätigkeit, in Zukunft das reiche historische und kulturelle Erbe zu bewahren und aufzuzeigen. Sie vermögen als Brücken der Kommunikation zu wirken und an der Stärkung der Beziehungen zwischen Österreich und Griechenland zu arbeiten.